(1)カテゴリ/月別 アーカイブの表示にも右サイドの表示をしたいんだが、下に行っちゃう。

たぶんデザインの問題。
サイドの設定部分を width="200" 以上にすると
問題が出るのかも？

(2)カテゴリーアーカイブにも、
　次カテゴリへのリンクを書きたいんだが、出来ない。

<MTArchivePrevious>
<a href="<$MTArchivePermalink$>">&laquo; <$MTArchiveTitle$></a> |
</MTArchivePrevious>
<a href="<$MTBlogURL$>">メイン</a>
<MTArchiveNext>
| <a href="<$MTArchivePermalink$>"><$MTArchiveTitle$> &raquo;</a>
</MTArchiveNext>

みたいなやつ。
(これ自体は、date何とかとかの中でしか使えない。)

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参考URLをまとめ～ヽ(´▽｀)ノ

★マニュアル(トップ)
http://www.movabletype.jp/support.html

★ユーザーマニュアル(タグなど)
http://www.movabletype.jp/manual/mtmanual.html

★スタイルシート・デフォルト・スタイル（標準デザイン）
http://www.movabletype.jp/default_styles.shtml

★HINAGATA
http://hinagata.biz/jp/

★ARTIFACT -人工事実-　新聞社サイト風テンプレート
http://artifact-jp.com/mt/archives/200307/newstemplate.html

★風のまにまに号　macromedia風テンプレート
http://wandering-wind.jp/archives/2004/0515225938.html

後は、ひたすらソースを読む…(゜ロ゜)
yaplog!で、色々いじった知識が、ぷち役に立ちましたよ。
ていうか、css読めれば、後は根気じゃな…。